明清鼎革之际，张献忠战死于西充凤凰山，大西军残部却在云南开辟了一番新局面，他们转变了张献忠原定的战略，开始与南明联合，成为南明抗清的重要力量。

1647年春，大西军四位主要将领孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇率部南下贵州，进而向云南挺进。当时云南正陷入土司沙定洲之乱，明黔国公沐天波逃往楚雄，全省动荡不安。大西军看准这一时机，决定夺取云南作为抗清基地。

明末时期，云南阿迷州土司沙定洲起兵反明，于1645年十二月攻占昆明，连续攻陷大理、蒙化，传檄州县，整个云南震动。世居云南的明黔国公沐天波被迫逃往楚雄，沙定洲强攻楚雄不下，遂将其重重围困。

1647年三月，在贵州活动的大西军将领孙可望、李定国得知云南局势后，昼夜兼程抵达云南，他们的目的很单纯——我不愿再流浪了，我想建立根据地。沙定洲闻讯急忙在楚雄解围退兵，但在草泥关被孙可望击败，逃回阿迷州。大西军连破晋宁、交水，进入昆明。李定国率部攻破晋宁、师宗、通海、河西，在临安力战沙定洲部将李珂楚，平定东部地区。孙可望与刘文秀则率兵西出，平定大理。

至1647年九月，大西军已在云南各府州驻兵，部众达二十余万。除普洱、东川之外，云南各地都被大西军占据。根据地真的建立了，大西军在云南的统治由此开始。

随后，他们与南明政权合作，宣布废除大西国号，许诺“共扶明后，恢复江山”。四人均接收南明的封号——孙可望称平东王，李定国为安西王，刘文秀为抚南王，艾能奇为定北王，四人地位大致相当，孙可望以“大哥”身份主持军政重务。

文献记载，可望“大书示命，号召全滇云：孤率三兄弟，统百万貔貅，建国不建统，纪年不纪号”。他们设立内阁六部，并且开始注重吏治整顿，史书记载：

重廉吏，除贪酷，不时差人易服色，暗访察，有廉者立加奖擢，贪者立拿斩首，传示各府州县。

这与之前张献忠主政时期的残暴滥杀形成鲜明的对比，而且他们不是说说而已，而是付诸实施，比如姚安知府谢仪贪酷，孙可望“差官持令箭去，立拿于署前斩首传示”。

但是，大西军“流寇”的习惯的转变是需要时间的。大西军入滇之初，发现丽江等地的百姓普遍信佛，并且用金银铸造或者装饰佛像（俗多好佛，常以金银铸佛，大者丈余，次者八九尺，再次者二三尺不等，如是罗列供养）。于是，大西军将士强行收缴了这些佛像，并且“尽击碎驮出”，充作军饷。

历史上北魏太武帝拓跋焘、北周武帝宇文邕、唐武宗李炎和后周世宗柴荣都曾发动过毁灭佛法的事件，使佛教在中国的发展受到很大打击。但是李定国的“灭佛”，与历史上著名的“三武一宗”灭佛事件的出发点是有很大区别的，李定国灭佛，仅仅是看上了“贵金属”，更直白一点，他的目的就是抢劫（与唐武宗倒是有点相似），但其他灭佛事件，则更多的是出于政治原因。

然而李定国的灭佛并没有持续太长时间，后来孙可望等人就改变政策，明令保护宗教寺观，甚至带头刻印佛教经典、铸造供佛的香炉等器物6。这种政策转变既有利于争取民心，也符合当地居民的信仰习惯。

孙可望以禁止灭佛向云南百姓证明了自己的诚意，随后他利用明黔国公二百多年在各土司中享有的威信广行招徕，注意笼络各少数民族的统治者。宣布，只要不持敌对态度就承认其统治权，并责成土司提供部分兵员和粮饷，不少土司的头人成了大西军下的将领。孙可望、李定国等人排除民族偏见，对西南少数民族的将士能够用其所长。

清朝廷臣在奏疏中说：“孙寇所借兵力，洞蛮为多。”时人李介也说：“定国所将半为㑩倮、瑶佬，虽其土官极难钤束，何定国御之有法也？”这表明大西军领导人在团结西南少数民族问题上收到了显著效果。

到1652年，李定国8万军力中约有一半是“㑩倮瑶佬”，白文选所部5万皆为“㑩㑩”，刘文秀“率滇黔土司、象、马分道下西川”。当时西军总兵力大约20万，西南部民占比接近一半。

大西军经营云南，对于南明永历政权的延续具有关键意义。张献忠在世时虽有建军立国的开创之功，但在1644年入川以前流动性过大，所建地方政权旋设旋失。孙可望等人于主帅身亡后，团结内部，不失时机地挥军入滇，取得了一块稳定的基地。他们休养补充士马，整顿经营地方，为原大西军在南明抗清斗争中重展雄风蓄积了力量。