重庆有各类港口码头400多座 ，比较知名的码头主要有：
朝天门码头 始建于西汉，是重庆历史上最早的老码头，由朝天门、嘉陵码头和月亮碛码头组成，其所在的沙嘴码头曾是最繁忙的部分，是长江与嘉陵江交汇处的重要水运枢纽。
望龙门码头 位于渝中区东南部长江北岸，1935年江岸城墙拆除后建港。因对岸是南岸龙门浩，能望见“龙门皓月”石刻而得名，这里有我国最早建成的公共客运缆车，由茅以升和欧阳春主持建造。
储奇门码头 旧址在重庆药材市场附近，曾是四川主要土特产、山货、药材的集散地，如今仅存一根写着“大庆路码头”的石柱，见证着曾经的繁华。
东水门码头是重庆古城临江的开门，因在正东得名。民国以前是除朝天门外的大码头，是通往南岸龙门浩的主要码头，江边曾有众多小木船摆渡，每年真武大帝生日时，香客云集，热闹非凡。
唐家沱码头在江北区南部长江北岸，是长江上游著名的回水沱，唐代就已成为停泊良港，因“亏到唐家沱”的俗语而广为人知，抗战时期是文化名人的避难所，也是重庆造船业的主要基地之一。
西流沱码头 位于巴县，清末开埠时期，码头主人李智先受袍哥侠义精神感染，号召习武并建立义军，革命义士邹容曾受其保护，如今的西流沱小镇保留了部分老码头风貌。
九龙坡码头原名九龙铺，是通往黄沙溪、菜园坝江边要道的商业点。1938年，国民政府对其进行初期建设，使其成为重庆第一座半机械化码头，被称为“洋码头”，在抗战时期担负着重要的军工运输任务，后成为长江上游最大的水陆联运码头之一，2018年正式关闭。
磁器口码头位于嘉陵江南岸，沙滨路尽头，是嘉陵江下游的天然良港和物资集散码头，因磁器口古镇而闻名，有“小重庆”的称号。
果园港是西部地区首个获批的港口型国家物流枢纽，毗邻两江新区核心开发区鱼复园区，聚集了汽车、电子信息、装备制造等产业，汇聚了中欧班列（渝新欧）、西部陆海新通道、长江黄金水道等多条对外开放通道，实现了江铁海联运无缝衔接。
万州新田港 是西部陆海新通道的始发地之一，其开放区域为新田港作业区一期，2024年1月，西部陆海新通道中老铁路首趟保税进口粮食直达专列驶入该港，对完善重庆口岸群、推动区域经济发展具有重要意义。
