元朝初期，忽必烈委任中亚穆斯林政治家赛典赤·瞻思丁为云南平章政事，赛典赤家族世代治理云南，中亚和西亚穆斯林不断涌入，当地各族信众也逐渐融入穆斯林群体，伊斯兰教在云南蓬勃发展。在清末回族杜文秀起义前，穆斯林人口曾经占云南总人口的10%，清真寺遍及全省。清末战乱动荡，穆斯林人口锐减。现在回族穆斯林群体仍旧是云南第八大族群，占云南全省人口的1.5%。
由于清末杜文秀起义和特殊年代的破坏，云南很多古清真寺未能保存下来。现存的古清真寺群，主要集中在滇西和滇东北，其中滇西清真寺群以巍山永建镇最为集中，滇东北清真寺群则以鲁甸县和昭阳区为中心。
滇东北清真寺多建于清代。其中最富盛名的是鲁甸拖姑清真寺，始建于清雍正八年（1730年），由照壁、唤醒楼、正殿、无倦堂、后亭、厢房、水房等组成；正殿可容纳近三百人礼拜。寺院四周山丘映衬、稻田环抱，树木成荫，环境幽静。
P1-3：鲁甸县拖姑清真寺
P4：鲁甸县岔冲清真寺
P4：鲁甸县岔冲清真寺
P5：鲁甸县龙头山清真寺
P6-7：昭通市昭阳区布嘎清真寺
P8-9：昭通市昭阳区八仙营清真寺
P10-11：昭通市昭阳区元龙清真寺
P12：寻甸县丹桂清真寺
P13-14：寻甸县塘子清真寺
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