咸丰元年（1851)，重修玉皇殿、山门、戏楼、道房等。咸丰八年（1858）安徽颍州捻军起义，鄢陵、扶沟100多个村庄民众，以雾烟山易守难攻的地理形势，建"桐丘寨"。寨墙高20多米，周长约1500米。建有炮楼，备有铁炮、弹药，设有防务局，组织有联防队，戒备森严。一时寨内建民房如蜂巢。

桐邱寨残片。

同治十年（1871)，经捻军之乱，诸庙破坏严重，地方善士各捐己资，重修祖师等殿，使颓者举，废者兴，檐门、栋宇焕然聿新。同治十一年（1872)，重修玉皇、圣公圣母、祖师、广生、三仙、三官、火神、三清等殿和戏楼，并金粧各殿神像。时人姚步云记载当时盛况曰："予尝遥瞻山之左右，峰雾靡漫，岚烟蒸腾，有时而全著庙貌，有时而半露尖峰，不啻蜃楼海市，足壮观瞻焉！且山峰有井，名曰天井，每逢阴雨，其泉上注，晴则即眢。且南据峻岭，北临双洎，西接颍川，东连北陈，临其上者无不如在目前，诚一方胜景也。故我扶八景虽俱观，而桐丘宿雾称独最焉！"

1912年重修玉皇、十八殿阎君殿。1923年重修真武祠。至1949年前后，虽历经灾荒兵燹，雾烟山因偏离县城，影响不大，山体仍古色斑斓，古柏森森，老干虬枝，绿树成荫。桐丘寨寨墙、寨门、炮楼及护寨沟仍保存完好，其建筑规制仍保存完好，从南至北有山门及老君殿、三官殿（殿西南建"亏心楼"一座，即为人处事都要公道，不能亏心）、三仙圣母殿、奶奶殿（有东厢房两间，厢房南山墙侧即为"天井"。西厢房三间，厢房内画"二十四孝图"，厢房外有千年古槐一棵）、祖师殿、圣公圣母殿、玉皇殿（殿梁上东塑青龙、西塑火龙缠绕，且青龙抓一不孝小人倒挂于梁下，意即为人子者若不孝，落得个五雷轰顶老龙抓）、王母殿、老母洞等九重大殿。

每逢农历三月三，六月初一等神诞日，信士从四面八方云集此处，烧香求神。在山门外偏东，面向山门有戏楼一座，戏楼后有不知何代古墓一座，曾出土陶制葫芦两个，疑为道士坟。三仙圣母殿东侧为道房院，有道房数十间，院内花木繁盛，荫翳蔽日，结构精巧，别有洞天，至今尚存500年树龄的石榴树一棵，仍枝繁叶茂，硕果累累。每殿均有道士值守，殿前都有形制不同的赑屃驮石碑1-2通。殿与殿之间的场地和道路，均满铺青色大方砖相连，并用大青砖作为路沿石镶边，使人感觉整洁大方，古朴典雅。

据清朝乾隆二十七年（1762)《扶沟县志．卷末》载："桐丘下有洞，幽深不可测，洞口凉气逼人，常有鬼物居之，人不敢入"。此洞位于三官殿与三仙圣母殿之间的西侧，据当地居民说，此为避兵之地洞，每逢兵燹，民皆藏于此洞。同时，该洞又俗称"藏仙洞"，即雾烟山诸殿内土偶神像残破后，如随意舍弃，有对神灵不恭不敬之嫌，所以，将其藏进洞中。

1951年7月，时扶沟县第六区区公所以破除封建迷信为由，开始拆除部分大殿。除玉皇殿西北角约10米处一棵柏树相传为老子所栽，出于对神灵的敬畏，且因此树尚未成材，未予砍掉外，将山上古老的松树、柏树、桐树、黑槐树等砍伐殆尽，用于建设区公所、礼堂和学校。

2015年6月，雾烟山附近一位八十多岁的老年人回忆，这棵古柏在他儿时记事的时候就这么粗，像是吃了铁，一直未长，只有生命力，没有生长力，也是一怪。

在1958年的"大跃进"运动中，将仅存的三仙殿、玉皇殿、老戏楼拆掉，把石碑、赑屃或砸碎烧成石灰，或用于修桥、垫宅（现霍家村西、大岗村南桥下均有十多块石碑）。

在拆除玉皇大帝神像过程中，扶沟县韭园人民公社派出精壮劳力20多人，用粗绠绳套住玉皇大帝神像的脖子，欲将神像拉倒，但用尽九牛二虎之力，也无动于衷，又增派二十多人，仍是纹丝不动。这时，公社主要领导大喊革命口号，命人用大锤砸向神胎，原来这座神胎的中间，是一棵扎根地下的老柏树整棵树桩，由雕塑匠人巧妙地在树桩上塑成。从此以后，附近信士只得在夜间偷偷地在原址摆上几块残砖烂瓦，烧香拜神，祈愿求福。

1966年至1976年间，山上文物再次遭到洗劫，片瓦不存，毁坏殆尽。周围村民也开始对山体取土建房、拉土改田。特别是在1970年，扶沟县韭园人民公社党委提出"三年搬走雾烟山"的豪言壮语，使雾烟山遭受灭顶之灾，使山体占地面积减少近百亩。当时的后郑村革命群众充分发扬跟天斗、跟地斗的战天斗地大无畏精神，在岗上插遍红旗，红旗在风中迎风招展，男女老少齐上阵，高喊革命口号，日夜锣鼓喧天，拉土毁岗，最后获得人民公社奖励锦旗一面。大队支书在接锦旗时，眼中"刷刷"地流出了幸福的泪水，激动得全村老少爷们敲锣打鼓放鞭炮，非常隆重地庆祝了一番。

1985年3月，扶沟县政府因其地历史悠久，风格独特，地势险峻，公布为县级重点文物保护单位。1986年3月，后郑村村民张旺根、郑如意、苏作、吴启田、贾孟庚等倡议附近村庄善男信女以建设"公园游览区"名义，相继兴建雾烟山九重大殿，并增修伏羲人祖、人祖老母殿。1990年，大岗村信士在雾烟山北侧创建了祥云寺。2006年3月，周口市政府公布为第二批市级文物保护单位。2013年11月，周口市文化广播新闻出版局组织专家对雾烟山进行考察、论证，一致认为具有较高的历史、科学、艺术价值，推荐申报为第七批省级文物保护单位。