大庙始建于隋代，本在南岳主峰祝融峰上，为方便皇家祭祀与民间朝圣，移至山下。后经唐、宋、元、明、清六次大火和十六次修缮扩建，现存建筑群为清光绪八年重建。
南岳大庙是是历代帝王代表国家祭祀山川社稷的主庙，与泰安岱庙、登封中岳庙并称于世。隋唐以来，封建帝王多次对南岳封神封帝。
清光绪八年（1882年），湘军将领、湖南平江举人李元度奉命重修南岳大庙，大庙格局沿袭至今。
南岳大庙是中国南方（除藏区以外）现存规模最大、布局最完整的宫殿式寺庙。南岳大庙中轴线分为九进四重院落，由南至北依次为棂星门、奎星阁、正南门、御碑亭、嘉应门、御书楼、圣帝殿（正殿）、圣公圣母殿（寝宫）和北后门。大庙佛道共存，东路置八座道观，西路置八座佛寺。圣帝殿（正殿）面宽53.68米，进深35.3米，是中国南方现存最大的古代木建筑。南岳大庙红墙围绕，角楼高耸，山泉绕墙，布局严整。
抗战时期，南岳庙正南门城楼被炸毁。
上世纪六十到七十年代，南岳大庙遭到破坏，石碑、匾额、神像、法器、经书等全部被毁。
1980年开始，南岳庙开始了持续的整修。
为湖南省现存规模最大的古代寺庙。2006年5月，南岳庙被公布为第六批全国重点文物保护单位。
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