南京的侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念地主要包括遇难者丛葬地、纪念馆及相关的遗址。这些地点共同构成了对历史事件的纪念体系，旨在铭记遇难者并维护和平记忆。

一、侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆（主馆）

位于南京市建邺区水西门大街418号，坐落于南京大屠杀江东门集体屠杀及“万人坑”遗址之上，是全面记录侵华日军制造的南京大屠杀暴行的专史型纪念馆，也是中国首批国家一级博物馆、首批全国爱国主义教育示范基地、全国重点文物保护单位、首批国家级抗战纪念设施和遗址。

二、利济巷慰安所旧址陈列馆（分錧）

位于南京市秦淮区利济巷，是亚洲最大、保存最完整的慰安所旧址，也是为数不多的被在世“慰安妇”幸存者指认过的慰安所建筑，是侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆的分馆。陈列馆由8栋原名“普庆新村”的民国历史建筑建成。日军侵占南京后，将“普庆新村”改造为“东云慰安所”和“故乡楼慰安所”。

三、南京大屠杀遇难同胞丛葬地（多处）

南京市在当年尸骨较多的埋葬点或屠杀遗址设立了20余处丛葬地纪念碑，包括：江东门丛葬地（埋葬约1.5万名遇难者，纪念馆所在地）、北极阁丛葬地（位于玄武区北极阁山南麓，埋葬约2000名遇难者）、上新河丛葬地（位于建邺区水西门外，埋葬逾2.8万名遇难者）、汉中门外丛葬地（埋葬约2000名遇难者）、煤炭港丛葬地（位于下关区煤炭港江边）、中山码头丛葬地（埋葬遇难者）、清凉山丛葬地（位于河海大学内，建有纪念碑）、五台山丛葬地（埋葬254具遇难者遗骸）、普德寺丛葬地（埋葬9721位遇难者，被称为“万人坑”）、花神庙丛葬地（埋葬遇难者）、燕子矶丛葬地（埋葬5万余名遇难者）以及正觉寺、中山陵西洼子村、金陵大学、鱼雷营、草鞋峡、挹江门等处。‌

四、南京保卫战遗址（多处）

1937 年南京保卫战遗址众多，主要有：

光华门遗址位于御道街、大光路路口向南百十米处。光华门是南京保卫战中战斗最激烈、伤亡最大的地方之一。如今，这里是一个街边公园，仍保留着一些残迹，如散落的城砖、石块以及隐约可见的环形工事。

清凉山炮台遗址位于南京市鼓楼区清凉山公园内。该炮台原属1935 年扩建的江宁要塞部队，1937 年增设高射炮台后成为南京保卫战的重要防御工事。现存遗迹包括高 80 厘米、内径 6 米的露天炮位及储弹洞等。

神策门是南京明城墙的十三座城门之一，城墙上有许多坑洞，是当年战争留下的弹孔痕迹，见证了南京保卫战的激烈战斗。

紫金山碉堡群是紫金山及周边地区分布的众多碉堡，经调查发现有74 座。这些碉堡是钢筋混凝土构筑的军事防御设施，是南京保卫战时期军事防御系统的重要组成部分。

中华门是南京明城墙的十三座城门之一，城门边的岩石上有弹头，城门上方设有暗堡，这些都是南京保卫战的遗迹。此外，中华门附近还有一些碉堡，是当年军事防御体系的一部分。

陆军工程大学内校史楼位于解放军陆军工程大学院内。1937 年 12 月，曾有 77 名中国守军在此顽强反击日军，楼体东侧外立面有手榴弹炸过的痕迹。

这些纪念地共同构成了南京大屠杀历史记忆的重要载体，旨在警示世人铭记历史、珍爱和平，弘扬爱国主义精神。中国政府与社会各界高度重视对这段历史的保护与教育，纪念馆及遗址均免费开放，每年举行国家公祭日活动。