莆田市作为闽中沿海城市和民营经济活跃区，面临产业转型升级、区域协同发展、文化资源保护等多重挑战。
传统制造业转型升级压力较大，新兴产业体量有限，县域经济发展不均衡，城乡融合与生态保护需要更好统筹。
荔城区
中心城区产业空间拓展受限，传统商贸业受电商冲击明显，商业综合体空置率有所上升。
工业企业外迁后现代服务业接续不足，金融、信息等生产性服务业发展滞后。历史街区保护与城市更新矛盾较为突出。
城厢区
老城区空间资源紧张，基础设施老化问题亟待解决。传统工艺美术产业面临传承和创新挑战，产业化水平有待提升。
教育资源分布不均衡，优质学位供需矛盾持续存在。城市功能品质与居民期待存在差距。
涵江区
老工业区转型升级任务艰巨，食品加工、机械制造等传统产业面临环保和升级压力。
新兴产业园区集聚效应不明显，高新技术企业数量偏少。产城融合发展深度不够，部分区域基础设施配套不足。
秀屿区
临港产业与港口联动效应未充分发挥，大宗商品贸易受市场波动影响明显。木材加工等传统产业面临环保升级挑战。
平海湾等海洋旅游资源开发深度不够，配套设施建设滞后。
仙游县
古典工艺家具产业面临原材料价格波动和市场消费转型压力，产品创新设计能力有待提升。
现代农业产业化程度不高，特色农产品品牌影响力有限。北部山区乡镇发展基础相对薄弱。
湄洲岛国家旅游度假区
旅游经济高度季节性，夏季承载压力巨大而冬季资源闲置严重。
朝圣旅游产品单一，文化体验和休闲度假业态开发不足。生态环境保护与旅游开发需要更好平衡。
