瞿昙寺，藏语称“卓仓拉康果丹代”，又称“卓仓多杰羌”，意为“卓仓持金刚佛寺”，位于中国青海省海东市乐都区瞿昙镇，是一座藏传佛教格鲁派寺院。瞿昙寺是中国西北地区保存最为完整、规模宏大的明朝寺院建筑。

瞿昙寺位于乐都县城南21公里处的马圈沟口，面朝瞿昙河，背靠罗汉山，北依松花顶，南对照碑山，为大型明代建筑群。

洪武二十五年(1392年)，三罗喇嘛三丹罗追在其驻地官隆洞兴建了一座小佛堂，佛堂内供奉持金刚，并派人赴南京请求明朝朝廷护持。洪武二十六年(1393年)，明太祖朱元璋赐名“瞿昙寺”，并任命三丹罗追为西宁僧纲司都纲。明朝初年的四位皇帝(明太祖、明成祖、明仁宗、明宣宗)先后下了7道敕谕，派太监率工匠历时36年修建完成瞿昙寺。其中，明朝永乐年间，明成祖下令扩建瞿昙寺，并且用行政命令扩大了该寺上层僧人的宗教首领地位及经济特权。明仁宗、明宣宗进一步扩大了该寺的政治经济特权。明朝宣德二年(1427年)，仿北京紫禁城太和殿的瞿昙寺隆国殿完工，瞿昙寺的规制更加宏伟。

瞿昙寺，左侧为宝光殿。图中间偏右的宝光殿旁的小建筑为小经堂，远处可见两座白塔。

明朝初年，朝廷封瞿昙寺创寺僧人三罗喇嘛(即三丹罗追)为大国师，授西宁卫僧纲司都纲，并封土地、划林地，派兵保护寺院，连年布施及赏赐宝物，使瞿昙寺成为安多政教合一的大寺，是明朝同青海藏区进行联系，推行“抚边”政策的枢纽。

瞿昙寺在历史上曾经领属13座寺院。但这13座寺院的情况缺少详细的记载。《安多政教史》载，清朝道光二十九年(1849)，瞿昙寺有10座属寺，即被称为“卓仓贡扎什伦布”的药草台寺，瞿昙寺背后的宗塔静房、甲本静房、杰拉静房，瞿昙寺正面的辛钦静房，瞿昙寺东边约900米处的尕楞桑珠林寺，瞿昙寺上部沟脑的多杰扎玛静房、角加静房、交头洞静房，位于如今中坝藏族乡的普拉央宗寺。这10座属寺中，除了药草台寺、普拉央宗寺之外，规模均较小，1949年前夕多早已消亡。药草台寺是瞿昙寺的下院，为瞿昙寺僧众主要的学经之所，普拉央宗寺则是瞿昙寺僧众的主要静修地。

瞿昙寺的僧众到明朝末年达到500多人，清朝末年为300多人，1949年前夕为60多人。1958年前夕，该寺仅余18户34人(其中活佛2人(智合仓活佛仓成善、卓仓居巴仓活佛梅居巴)，完德12人);主要僧职除两位活佛之外，还有管家梅根登、梅香曲。该寺在智合仓活佛之下设法台、僧官、经头各1人，任期均为3年，负责宗教事务，另外设有众僧管家4人，任期1年，负责寺院的行政事务。瞿昙寺内设有时轮学院。

1958年后，瞿昙寺成为青海省获得保留的11座藏传佛教寺院之一。文化大革命期间，瞿昙寺被关闭，直到1980年重新开放。

该寺因所藏珍贵文物以及巨幅彩色壁画而闻名。该寺现存明朝汉藏文对照御制碑以及明清匾额十块，明朝宣德二年所铸青铜大钟一口，香炉三鼎，明钹、象牙佛珠、檀香木佛珠，米拉日巴石雕像，明清皇帝所赐的金印、景泰蓝花瓶、象牙塔等许多珍贵文物。

该寺左右迥廊的壁画大约四百平方米，主要为佛本生故事。寺内还珍藏着《甘珠尔》、《丹珠尔》、《宗喀巴大师文集》等佛经及著作三百多部，并有迎请自印度的舍利近百颗，供奉在佛塔内。寺内还有明末清初种植的白旃檀树。信仰藏传佛教的藏族、蒙古族、土族等民族将该寺视为佛教圣地，多来进香朝拜。该寺也是青海省最为知名的花儿盛会区之一。