三塔寺位于灵鹫峰上，紧邻显通寺，与塔院寺毗邻。该寺建于明万历年间，明神宗的生母李贵妃多次亲往朝拜，三座古塔便是明代帝王嫔妃礼拜后所赐赠建造。三座古塔中间为文殊塔，南为观音塔，北是普贤塔。这三座塔等高，各四米余，塔基成正方形，形制相同，通体纯白，仔细观察便会发现它们各有千秋。
该寺住东向西，与三泉寺，寿宁寺，西寿寺同为中台胜景灵迹。三塔寺因寺内三塔而得名，此三塔为明代遗物，中间为文殊舍利，两侧分别为普贤、观音舍利。到了清代，有一位从宁波来的喇嘛住持菩萨顶，把三塔寺作为自己静修的地方，藏教文化便开始渗入该寺，地藏舍利也就应运而生。
大雄宝殿构建于明代万历年间，一九八六年，照圆和尚任该寺住持后按历史资料进行了修复。大殿分三层，前殿两侧有木雕的药师如来和千手观音。殿右侧是一个不大显眼的地方，放置着一尊古旧的铁质塑像，这尊塑像塑于宋代，系生铁铸成，相传是用扬六郎的兵器做成的。中间一层塑有十八罗汉和八大菩萨，均为泥塑。大殿最后一层，左侧供有木雕的地藏王菩萨和宗咯巴大师，还有泥塑的释迦、阿弥陀佛、药师佛。三塔寺的宗密殿的殿门两侧书有照圆法师题写的对联：“显密合修光照三千世界，止观双运觉悟恒沙有情。”