巴南区在重庆主城区里面和南岸区是最后通铁路的两个区了，直到前几年重庆东环铁路建成才结束了这两个区没有国家铁路的历史。不过巴南区前身叫巴县的时候有四十多年是有铁路的，即使是九区十二县的时代，成渝铁路、川黔铁路、襄渝铁路都经过了巴县的地盘，但是巴县有铁路的地方都是在长江北岸，1995年重庆主城区域调整后，巴县长江北岸的区域分别划给了大渡口区、九龙坡区和沙坪坝区，巴县长江南岸的区域只有长生桥周边片区划入南岸区，其它绝大部分地盘保留成立巴南区，同时巴南区还把原来九龙坡区在长江南岸的区域划入，新成立的巴南区境内当时是没有铁路的。
铜罐驿到西永便线铁路在1995年之前全线都在巴县境内
2017年建成的渝贵铁路在珞璜南到綦江北区间有一小段从巴南区境内经过，那一段是在隧道里，但没有在巴南区境内有站，所以也不关巴南区什么事。2022年建成的重庆东环铁路终于结束了巴南区境内没有火车站的历史，该线在巴南区境内唯一的车站是南彭站，在界石南边大约4公里的地方，距离巴南区行政中心大约14公里。南彭站旁边并不是居民聚居区，目前有一些跨线去渝厦高铁的G字头列车经停，该站还设有货场。
南彭站货场
南彭站
2025年建成投用的渝厦高铁重庆东到黔江段也经过了巴南区境内，并且还有一座叫巴南的高铁站，只是这座车站是在比较偏远的乡村，在巴南区东太路七星场附近，行政上归惠民，但车站距离惠民街道都有十几公里的路程，距离巴南区行政中心有四十多公里的路程，所以除了巴南这座车站附近的居民可以选择在该站乘降，巴南行政中心的居民坐渝厦高铁的列车还是到重庆东站吧。
巴南站站房
巴南站站台
