圣约翰大教堂是基督教世界最奇妙、最吸引人的教堂之一。其内外反差极大，如果不进内部，你会以为它是一座普通的古老教堂，外墙朴实如堡垒。
但内部才是惊艳的开始，当你跨进教堂内部，一场令人惊艳的视觉盛宴便徐徐展开。极尽奢华的巴洛克风格，金藻浮雕与彩色大理石地板的搭配堪称巅峰。
教堂始建于 1573年，为了使瓦莱塔能够完全取代当时的首都比尔古，教堂由骑士团首领德拉.卡西埃尔本人出资兴建，1578年教堂建成，标志着骑士团由比尔古迁都到瓦莱塔的正式完成。18 世纪时，教堂又进行了扩建。
圣约翰大教堂是骑士团自己的教堂，是岛上最主要的教堂，是首领和骑士举行重大宗教仪式和进行祭祀的场所。通过教堂的装饰可以了解骑士团波澜壮阔的历史。
教堂整个圆顶是一幅巨大壁画，由意大利画家马迪亚•布雷迪所画，表现了圣约翰的生平故事。
教堂的地板由407块彩色大理石镶嵌而成，白、黑、红、黄等多种大理石精细拼接而成，像巨大的地面马赛克，在烛光下熠熠生辉。大理石地面上刻着下方长眠骑士的名字，是一位位骑士或高管的墓碑，每块石板都记载着骑士荣耀，刻有拉丁铭文、家族纹章，甚至骷髅图案，下方安葬着逝者的遗体，第一任首领亚当和第六任首领瓦菜特的遗体就埋放在教堂的地下墓穴里。这里共埋葬约400多位骑士团成员，包括11位大团长。
瓦莱特团长
大教堂内部又分8个小礼拜堂，8个小堂对应骑士团八大分支。以“八语”分支的骑士团供奉着自己的守护神，小礼拜堂内葬着本语骑士团首领的遗体。
教堂内藏有卡拉瓦乔名作真迹《圣若望被斩首》、《圣哲罗姆写作》。卡拉瓦乔（1571-1610），原名米开朗基罗·梅里西·达·卡拉瓦乔。他与米开朗基罗没有血缘关系，也从未谋面。他们是相隔一代人的两位“米开朗基罗”，因同名而产生艺术史上的强烈对照。